연세대학교 신과대학은 한국 최초의 종합대학 내 설치된 에큐메니칼 신학교육기관으로서 다음과 같은 미션과 비전을 두고 있다.
첫째, 세계의 신학계 그리고 타학문과 긴밀한 관련 아래 높은 수준의 신학교육을 실시하며, 또한 한국적 신학을 발전시켜 이를 통하여 교회 연합에 힘쓴다.
둘째, 학문과 신앙을 두루 갖추고 조화된 신학도를 배양한다.
셋째, 기독교 신학의 존재 이유는 교회에 대한 봉사임을 확인시키고, 한국교계 뿐만 아니라 세계 교회에 봉사할 지도자를 양성한다.
이상의 미션과 비전을 더욱 효과적으로 수행하기 위해, 우리 신과대학은 신학전공과 함께 이중전공 및 부전공 제도를 적극 권장하여다양한 학문적 경험과 지식을 습득하도록 한다. 또한 신학실천, 경건훈련, 목회실습, 목양훈련 등의 실천과목을 통해 기독교 신앙의깊이와 지도력을 향상시키고자 노력한다.